皇上认为他的意见说得非常对，迁任殿中侍御史。后来，两淮战况南宋方面不利，廷臣争着陈述退避的谋划，吴芾却说：“今日的战事，只有进没有退，进是上策，退是无策。”不久，金朝君主完颜亮死了，吴芾于是就上疏劝皇帝亲自北征。皇上车驾到达建康，吴芾就请求皇帝就将车马停留在建康（以建康作为首都），这样做来稳定中原人们的希望。吴芾又说：“去年，两淮地区的各个城池的守军望到敌人就奔跑溃败，没有一座城能拒守的原因，这就是秦桧求媚北朝，乞求媾和的余毒啊。皇上如果能一反秦桧壅塞言路、挫折士气的错误途径，那么我军士气一天天振奋，如此那些在危难面前勇于献出性命的人就有了啊。”吴芾知婺州的时候，吴芾鼓励推行义役，金华长山乡十一户人家，自行按照甲乙的等级评定他们的田产，然后按照次第相继来服役，他们就这样做了将近二十年。吴芾让人用车载着他们十一个人来到官府，吴芾与他们合宴，更改他们的乡名为“循理”，改里巷名为“信义”，以此来褒扬他们以示与众不同。吴芾知绍兴府的时候。恰巧当地征收赋税繁重，并且用物抵税的折色特别厉害，吴芾以皇帝、皇后攒宫在绍兴暂厝，上奏请求免去支移折变的赋税部分。境内鉴湖长期废用，恰逢这年收成不好，境内出现大饥荒，吴芾于是命令打开常平仓的米来招募饥民，疏通挖制鉴湖。吴芾离任后，大姓为了从田中获利，又使鉴湖再一次荒废。吴芾代理刑部侍郎迁任给事中，改任吏部侍郎，他以敷文阁直学士的身份知临安府。有内侍的家僮殴伤酒家的酒保，吴芾逮捕那个家僮并加以惩治，在集市上示众，权豪都侧目畏惧。执政当局议论让吴芾出使金朝，又拜官任吏部侍郎，朝堂议论以龙大渊为副职，吴芾说：“龙大渊这个人是可以一同言行事的人吗？”这句话后来被皇上得知，于是出使金朝的事情就停了下来，没有成行。下迁担任礼部侍郎，他力求去职，于是就提举太平兴国宫。当时，吴芾与陈俊卿都以刚直被人忌恨，不久，俊卿也被罢了官，阎安中向孝宗进言说：“两人被罢官，这不是国家的福气啊。”后来起官，知太平州，他名人造船来为姑溪架桥。历阳戍守的士兵长期戍守，被打散要返回，他们扬言要奔赴太平州的郡界。吴芾召集他们厚厚的犒劳他们并加以遣散，然而却秘密地逮捕了提议作乱的士兵，把他们关进监狱，上报给皇帝知道。朝廷下诏褒谕，吴芾前后守六郡，都能够依据各地风俗采取或宽或猛的政策，官吏没有能够做坏事的，老百姓都怀念他带来的惠利。吴芾屡次告老，最后以龙图阁直学士的身份退休。十年后死去，享年八十。吴芾曾经说：“对待公家的东西应当如对待自己的东西，对待公事应当如对待私事。与其得罪百姓，还不如得罪上官。”他立朝不结党，晚年退闭在家十四年，自号湖山居士，为文豪健俊整，他有表奏文章五卷，诗文二十卷。
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