增加俸禄一等，升任为副总兵，镇守广西。不久晋升为代理都督佥事。古田各部的瑶族、僮族犯上作乱。张祐进言说：“以前征讨，都依靠两江土兵，赏赐不够酬谢功劳。如今调兵多错过期限，请求商议确定重赏。”皇上听从了他的建议。督都指挥沈希仪等讨伐临桂、灌阳各地瑶族人，斩杀五百多人，（皇帝）下诏书嘉奖慰劳。又连续攻破古田贼寇，俘获斩首四千七百人，晋升为代理都督同知。后来，又讨伐平定肇庆各蛮夷。增加俸禄一等，荫袭其子，世袭食邑一百户。嘉靖元年，张祐的母亲去世，他悲伤过度形貌消瘦。不久因病请求退休，回到卫所。当初，上思州土人头目黄镠犯上作乱，张祐收买他的同党黄廷宝把他捆绑了进献给朝廷。总督张嵿怨恨张祐没有告诉他，以致弹劾张祐心怀奸诈逃避困难，将他逮捕投入德庆的监狱。张祐多次上书诉冤，被释放后接到命令闲居。卢苏、王受扰乱田州。总督姚镆把张祐召到军中，以宾客的礼节招待他，多受他的辅助。后来，王守仁代替姚镆，询问安抚清剿蛮夷的办法，张祐说：“用夷人治理夷人，可以不用兵拿下。”王守仁采用了他的意见，卢苏、王受果然听从命令。于是命令张祐安排两个人的部队。事情平息后，王守仁进言说：“田州刚刚平反，应该设置一位副总兵镇守，请任命张祐吧。”皇上答应了他的请求。后来张祐攻破封川贼寇盘古子，又清剿了广东会宁的大盗丘区长等，斩杀一千二百人，在大隆山刻石记功。嘉靖十一年，杨春的贼寇赵林花攻陷高州，总督陶谐发檄书召张祐讨伐。深入贼人的境内，多有斩杀擒获。后来张祐忽然得重病去世，军中为之哀恸。张祐身高八尺，智谋才识超过常人，治军有节制，能与部下同甘共苦，不谋求个人财产。生性好读书，经常用车装着书跟随自己，军中有闲暇就请儒生讲谈议论。曾经路过乌蛮滩，拜谒马伏波祠堂，长叹着说：“去世后不和他们一起享受祭祀，不是大丈夫。”题诗离开。后来田州人在横山建立祠堂祭祀他。
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