万历四十八年（1620年）七月，神宗去世，皇太子即位，是为光宗。光宗在位仅二十九天便一命呜呼。其后，他的长子朱由校即帝位，是为熹宗。熹宗即位后，东林党人因拥戴有功，重新崛起。天启元年（1621年）三月，高攀龙重获起用，被任命为光禄寺丞。九月，到京就任。这时，他已经是一位六十岁的老人了，长期的修身养性，使他早已超脱了名利甚至生死。

　　天启二年（1622年）正月，关外重镇广宁（今辽宁北镇）失陷，明军被迫退缩到山海关一线。消息传来，朝野震惊，人心惶惶。高攀龙接连上书要求革新政治，以挽救国家濒危的命运。他在《破格用人疏》中提出要破格用人，加强战守之备，并推荐礼部右侍郎孙承宗担任防御大臣，负责处理战事。他的意见得到了皇帝的首肯，而孙承宗也不负众望，收复了广宁和辽河以西的土地，边境平静了四年之久。同时他还上疏追论三案（梃击案、红丸案、移宫案），要求惩治郑养性、李如桢、崔文升等人。他还上了《恭陈圣明务学之要疏》，向明熹宗阐明读书的重要性。由于在疏中涉及到三案，触怒了熹宗，结果反而被罚俸一年。

　　天启二年九月，高攀龙转任大理寺右少卿，十一月，升任太仆卿，次年晋升为刑部右侍郎，四年升任都察院左都御史。此时，以宦官魏忠贤为首的阉党势力日益扩张，控制了内廷和外廷的行政事务。东林党人向来嫉恶如仇，反对他们利用权势，擅作威福，翦除异己，荼毒内外，纷纷上书参劾。双方的斗争进入了白热化阶段，高攀龙站在了这场政治斗争的风口浪尖。

　　高攀龙担任左都御史后，就着手清除贪官污吏。他首先命令五城御史在九门张挂《禁绝书仪》。不久，又上《纠劾贪污御史疏》，弹劾御史崔呈秀。疏中揭露崔呈秀在巡按淮扬地区时，贪赃枉法，铺张浪费，要求将崔呈秀从重处分。吏部尚书赵南星经过认真复查，认为事实确凿，提议将崔呈秀遣戍。崔呈秀得知后，连夜投奔魏忠贤，认魏忠贤为义父。

　　高攀龙认为，要治理好天下，地方官是否贤良十分重要，因此拟了一道《具申严宪约疏》，对地方官的职责作了“课农桑”、“兴教化”、“育人才”等共55条具体的规定，府、州、县据此层层考核。他在给登莱巡抚袁可立的书信《答袁节寰中丞》中说道：“今天下难联者人心，难得者人才，难鼓者士气，得老公祖（袁可立）一点真精神不难矣。”此时，魏忠贤、崔呈秀等人正借会推山西巡抚一事大肆迫害东林党人，结果高攀龙奏疏还未来得及呈上，就被借故罢斥了。高攀龙等人被罢黜后，以魏忠贤为首的阉党全面控制了朝廷内外大权。他们窃国乱政，大兴冤狱，开始对东林党人进行更大规模的迫害，编派了《缙绅便览》、《点将录》、《天鉴录》、《同志录》等黑名单，将不依附于魏忠贤的官员开列在内，统称为东林党人。高攀龙作为东林党的核心人物，自然成为阉党迫害的重点对象。