此时的明王朝已经进入了衰败期，神宗长期不理政务，朝中党派纷争，宦官横行，致使朝政混乱，国力日衰。高攀龙从政不久，就上了一道《今日第一要务疏》，提出要改变明王朝岌岌可危的形势，首先必须正本，即端正“人君之心”；其次要“除刑戮”、“举朝讲”、“用谏臣”、“发内帑”，以革新政治。但这道奏疏被皇帝留中不发。后来，首辅王锡爵等权贵在六年一度考察京官的过程中，大肆排斥异己，被贬削者总计达六十余人，朝廷上正直的官员为之一空。高攀龙的同年御史袁可立上疏针砭朝政，王锡爵怂恿明神宗将之削职为民。高攀龙为此愤激不已，上《君相同心惜才远佞以臻至治疏》，对神宗无故罢免大臣深表不满，并对王锡爵为泄私愤而斥逐异己的行为进行了严厉批评。这道奏疏激怒了王锡爵，也得罪了神宗，结果高攀龙被贬为广东揭阳典史。高攀龙由水路从家乡前往广东就任。在揭阳，高攀龙每天在官衙内教授生徒，培养了不少学生。他还四处察访民情、吏弊，惩治地方恶霸。在揭阳停留的半年内，高攀龙结识了陆粹明及其老师萧自麓，以及明道先生、李材等人，对他的学术思想产生了深远的影响，人生境界也有很大的提高。

　　万历二十三年（1595年）二月，高攀龙回到无锡，居家不仕近三十年。他在漆湖之畔（今蠡湖东岸）建造了一座“水居”，取名“可楼”，作为自己读书静坐的处所。“水居”坐落在湖山环抱之中，环境十分幽雅，他常常在此一住就是一个月。在读书静坐中，他的学术思想日渐成熟，成为当时的儒者宗师。他在学术思想上的最大贡献，在于提倡“治国平天下”的“有用之学”，反对王学末流的“空虚玄妙”之学。他认为“无用便是落空学问”，“立本正要致用”，把“治国平天下”看做是格物致知和个人道德修养的必然结果。“修身、齐家、治国、平天下”是他毕生追求的政治理想，因此后人评价他“居与游无出乎家国天下”。

　　高攀龙回到家乡，除了读书静坐外，他的另一个重要活动就是讲学。他与家乡另一位进士出身的学者顾宪成志同道合，交谊颇深。为了有一个讲学的场所，万历三十二年（1604年），在常州知府欧阳东凤和无锡知县林宰的支持下，高攀龙与顾宪成等人发起，在北宋著名学者杨时（龟山）的讲学之所重建了东林书院。重建后的东林书院由顾宪成主持，万历四十年（1612年）顾宪成去世后，由高攀龙主持，直到天启五年（1625）书院被拆毁为止。

　　高攀龙在讲学过程中，除了学术上的传授与交流外，更强调立志做人。他提出做人要真，要老老实实，强调做人要有气节。针对当时士风日下、追名逐利的情况，他指出读书不是为了求取功名富贵，而是为了正心修身。高攀龙等人在讲学的过程中，以自己的政治理想和人格标准来评议朝政，裁量人物，与他们志趣相近的在野士大夫闻风响附，纷至沓来。在朝的李三才、赵南星、邹元标、杨涟等正直官员也与他们互通声气，遥相应和，东林书院实际上已成为社会舆论的中心。他们的反对派对此十分忌恨，诬之为“东林党”，污蔑他们是假借讲学以结党营私。