他们逃到永春，与香寮的盗贼苏阿普、范继祖联合侵犯德化，被都指挥耿宗元打败，他们假装请求招安。吴百朋也佯装罢兵，利诱乱贼的党羽作为内应，先后将他们全部抓获，只有三个贼寇的巢穴没有攻下。三个巢穴是指和平的李文彪所占据的岑冈，龙南的谢允樟所占据的高沙，赖清规所占据的下历。朝廷因为倭惠棘手，十年没有讨伐三股乱贼。李文彪死后，他的儿子李珍与江月照搂替他，更加猖獗。嘉靖四十四年秋天，吴百朋晋升为右副都御史，依然巡防上述地区。他上奏说：“三个巢穴的乱贼冒犯尊卑之礼而称王，即刻招安即刻又叛乱。广东的和平、龙川、兴宁，江西的龙南、信丰、安远，被蚕食过半。不赶紧讨伐，祸害不可言说。三个巢穴中只有赖清规的势力跨江西、广东六县，最违逆圣命，讨伐必须从下历开始。”世宗将奏章交给部中议论，并依从了他。吴百朋使命令守备蔡汝兰在苦竹嶂讨伐并擒拿了赖清规，震慑了众贼。隆庆初年，吏部因为吴百朋颇受兵营之苦，渐次升他任大理卿。给事中欧阳一敬等人奏请穆宗仍将昊百朋留任负责剿灭乱贼，穆宗下诏将他升任兵部右侍郎兼右佥都御史，依旧巡抚故地。吴百朋上奏，春天用兵妨碍农田的耕作，应该进行招安，穆宗听从了他的建议。不久，他升任南京兵部右侍郎。请求回乡终养天年，穆宗不同意。改任为刑部右侍郎。父亲去世后回乡服丧，再度做官时改任兵部职。万历初年，奉命巡视宣州、大同、山西三镇。吴百朋以粮饷、险隘、兵马、器械、屯田、盐法、番马、逆党等八件事情考核边疆大臣，督抚王崇古、吴兑，总兵郭琥以下的官吏，分别受到升官赏赐或罢免的处理。又进献边防图，凡是关塞险隘处所，少数民族的部落，兵马的强竭，亭障设置的远近，都清晰分明得像指着手掌看一样。后由于探视母亲回乡。又出任南京右都御史，升任刑部尚书。过了一年去世。
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