在杭州天竺寺聚集了上千人，韩邦奇立即遣散了他们。朱宸濠的女婿假托进贡要从衢州借道，韩邦奇质问说：“到京城上贡应当沿江而下，为什么要从此处借道？你回去告诉宁王，我韩佥事是不可欺骗的。”当时在浙江的宦官共四个人，王堂当镇守，晁进管织造，崔珤管市舶，张玉管建筑。他们的爪牙四处搜刮，百姓都无法生活下去了。韩邦奇上书请求对他们加以禁止，又多次遏制王堂。韩邦奇忧虑宦官采办富阳的茶鱼为害百姓，写了一首诗歌表示感伤。王堂于是上书说韩邦奇阻止对皇上的供给，写诗歌埋怨、诽谤。皇帝大怒，把韩邦奇逮到京城，关进了钦犯监狱。朝中大臣上书挽救，皇帝都不允许，最后韩邦奇被罢官为民。嘉靖七年，韩邦奇被起任为山东副使，以右佥都御史巡查安抚宣府。入朝协助管理督察院的事务，升任右副都御史，巡查安抚辽东。当时辽阳发生兵变，侍郎黄宗明说韩邦奇一向很有声望，请给他见机行事的权力，让他迅速前往平定事变。世宗当时一味采取姑息政策，没有答应，而是让韩邦奇与山西巡抚任洛做了对调。韩邦奇到山西后，处理政务严谨而有法度，部门的官员给他提供的用品他都不接受，他自己每隔一天拿出禄米换一斤肉。他在山西当了四年巡抚，后告病回乡。居家期间，朝廷内外不断有人推荐，他又以原有官职出来主管河道事务。后来升任刑部右侍郎，又改当吏部左侍郎。后被任命为南京右都御史，提升为兵部尚书，参与朝廷的军政大事。最后退休回家。嘉靖三十四年，陕西发生大地震，韩邦奇在地震中丧了生。朝廷追赠他为太子少保，谥恭简。韩邦奇曾经住在墓旁结庐服丧，病了一年多不能起床。他的弟弟韩邦靖送药一定亲自尝过，饮食都是亲手奉送。后来韩邦靖病重，韩邦奇日夜抱着弟弟哭泣，三个月不解衣休息。弟弟死后，他穿丧服，吃素食，一直到守丧完毕也不懈怠。乡里人为他们兄弟设立了一块“孝悌碑”。
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